Khoa Phòng, chống bệnh không lây nhiễm thực hiện các nhiệm vụ sau:
1. Đầu mối xây dựng kế hoạch, tổ chức thực hiện và báo cáo các hoạt động: Chỉ đạo, kiểm tra, giám sát việc thực hiện các hoạt động phòng, chống bệnh không lây nhiễm (các bệnh ung thư, tim mạch, đái tháo đường, phổi tắc nghẽn mạn tính, hen phế quản, tâm thần và các bệnh không lây nhiễm khác), bệnh do rối loạn chuyển hóa, tầm soát, sàng lọc, quản lý các bệnh không lây nhiễm tại cộng đồng;
2. Phối hợp cung cấp thông tin, truyền thông; giám sát tác nhân gây bệnh, yếu tố nguy cơ; điều trị dự phòng và quản lý sức khỏe cộng đồng; nghiên cứu và tham gia nghiên cứu khoa học, ứng dụng các tiến bộ khoa học, kỹ thuật liên quan; tập huấn nâng cao năng lực chuyên môn, kỹ thuật, nghiệp vụ về lĩnh vực bệnh không lây nhiễm;
3. Thực hiện các nhiệm vụ khác do Giám đốc Trung tâm giao.