Trung tâm Kiểm soát bệnh tật tỉnh Đồng Nai được thành lập theo Quyết định số 503/QĐ-UBND ngày 18/2/2019 của UBND tỉnh Đồng Nai. Theo đó, Trung tâm thành lập trên cơ sở hợp nhất 7 đơn vị sự nghiệp trực thuộc Sở Y tế gồm: Trung tâm Chăm sóc sức khỏe sinh sản, Trung tâm Răng hàm mặt, Trung tâm Y tế dự phòng, Trung tâm Kiểm dịch y tế quốc tế, Trung tâm Phòng chống HIV/AIDS, Trung tâm Truyền thông giáo dục sức khỏe và Trung tâm Bảo vệ sức khỏe lao động và môi trường.
Trung tâm Kiểm soát bệnh tật tỉnh là đơn vị sự nghiệp y tế công lập trực thuộc Sở Y tế, có tư cách pháp nhân, trụ sở, con dấu, tài khoản riêng tại Kho bạc Nhà nước và Ngân hàng theo quy định của pháp luật.
Trung tâm Kiểm soát bệnh tật tỉnh chịu sự chỉ đạo, quản lý trực tiếp, toàn diện về chuyên môn, kỹ thuật, nghiệp vụ, tổ chức, nhân lực, hoạt động, tài chính và cơ sở vật chất của Sở Y tế; chịu sự chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra, thanh tra về chuyên môn, kỹ thuật, nghiệp vụ của Bộ Y tế.