Khoa Phòng, chống bệnh truyền nhiễm thực hiện các nhiệm vụ sau:
1. Đầu mối xây dựng kế hoạch, tổ chức thực hiện và báo cáo các hoạt động: Chỉ đạo, kiểm tra, giám sát việc thực hiện các hoạt động phòng, chống dịch, bệnh truyền nhiễm, bệnh do ký sinh trùng, bệnh truyền qua côn trùng, bệnh truyền qua thực phẩm, bệnh lây truyền từ động vật sang người bệnh mới nổi; theo dõi diễn biến, dự báo tình hình dịch, bệnh; đáp ứng tình trạng khẩn cấp về dịch, bệnh và các sự kiện về y tế công cộng; sử dụng vắc xin, sinh phẩm y tế, tiêm chủng;
2. Phối hợp cung cấp thông tin, truyền thông; giám sát tác nhân gây bệnh, các yếu tố nguy cơ; điều trị dự phòng và quản lý sức khỏe cộng đồng; nghiên cứu và tham gia nghiên cứu khoa học, ứng dụng các tiến bộ khoa học, kỹ thuật liên quan; tập huấn nâng cao năng lực chuyên môn, kỹ thuật, nghiệp vụ về lĩnh vực bệnh truyền nhiễm;
3. Thực hiện các nhiệm vụ khác do Giám đốc Trung tâm giao.