Khoa Phòng, chống HIV/AIDS thực hiện các nhiệm vụ sau:
1. Đầu mối xây dựng kế hoạch chỉ đạo, kiểm tra, giám sát; triển khai thực hiện kế hoạch và báo cáo kết quả các hoạt động về: phòng, chống HIV/AIDS; khám, điều trị ARV, PrEP, PEP; điều trị nghiện chất bằng thuốc thay thế và xác định tình trạng nghiện ma túy theo quy định của pháp luật; quản lý, giám sát, hỗ trợ các hoạt động về phòng, chống HIV/AIDS; điều trị chất nghiện bằng thuốc thay thế cho tuyến dưới;
2. Phối hợp thực hiện các hoạt động cung cấp thông tin, truyền thông; giám sát tác nhân gây bệnh, các yếu tố nguy cơ; điều trị dự phòng và quản lý sức khỏe cộng đồng; nghiên cứu và tham gia nghiên cứu khoa học, ứng dụng các tiến bộ khoa học, kỹ thuật liên quan; chỉ đạo tuyến, tập huấn nâng cao năng lực chuyên môn, kỹ thuật, nghiệp vụ về lĩnh vực HIV/AIDS;
3.Thực hiện các nhiệm vụ khác do Giám đốc Trung tâm giao.