Khoa Phòng, chống HIV/AIDS thực hiện các nhiệm vụ sau:
1. Đầu mối xây dựng kế hoạch, tổ chức thực hiện và báo cáo các hoạt động: Chỉ đạo, kiểm tra, giám sát việc thực hiện các hoạt động phòng, chống HIV/AIDS;
2. Phối hợp cung cấp thông tin, truyền thông; giám sát tác nhân gây bệnh, các yếu tố nguy cơ; điều trị dự phòng và quản lý sức khỏe cộng đồng; nghiên cứu và tham gia nghiên cứu khoa học, ứng dụng các tiến bộ khoa học, kỹ thuật liên quan; tập huấn nâng cao năng lực chuyên môn, kỹ thuật, nghiệp vụ về lĩnh vực HIV/AIDS;
3. Thực hiện các nhiệm vụ khác do Giám đốc Trung tâm giao.