Khoa Sức khỏe sinh sản thực hiện các nhiệm vụ sau:
1. Đầu mối xây dựng kế hoạch, tổ chức thực hiện và báo cáo các hoạt động: Chỉ đạo, kiểm tra, giám sát việc thực hiện các hoạt động về sức khỏe sinh sản, chăm sóc sức khỏe phụ nữ, sức khỏe bà mẹ, sức khỏe trẻ sơ sinh và trẻ em, sức khỏe sinh sản vị thành niên và thanh niên, sức khỏe sinh sản nam giới; sức người cao tuổi; dịch vụ kế hoạch hóa gia đình, phá thai an toàn; phòng chống nhiễm khuẩn và ung thư đường sinh sản, dự phòng, điều trị vô sinh; phối hợp phòng, chống bệnh lây truyền qua đường tình dục
2. Phối hợp cung cấp thông tin, truyền thông; giám sát tác nhân gây bệnh, yếu tố nguy cơ; điều trị dự phòng và quản lý sức khỏe cộng đồng; nghiên cứu và tham gia nghiên cứu khoa học, ứng dụng các tiến bộ khoa học, kỹ thuật liên quan; tập huấn nâng cao năng lực chuyên môn, kỹ thuật, nghiệp vụ về lĩnh vực sức khỏe sinh sản;
3. Thực hiện các nhiệm vụ khác do Giám đốc Trung tâm giao.