Phòng Kế hoạch - Nghiệp vụ thực hiện các nhiệm vụ sau:
1. Đầu mối giúp Giám đốc Trung tâm xây dựng kế hoạch, tổ chức thực hiện và báo cáo các hoạt động: Kế hoạch định kỳ, đột xuất; kế hoạch chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra, giám sát, đôn đốc việc thực hiện các quy chế chuyên môn, quy trình kỹ thuật, nghiệp vụ; chỉ đạo tuyến; công nghệ thông tin; nghiên cứu khoa học; thu thập, phân tích, tổng hợp, lưu trữ và quản lý các thông tin, dữ liệu liên quan theo quy định của ngành; chương trình, dự án; hội nghị, hội thảo chuyên môn;
2. Phối hợp quản lý thuốc, hóa chất, vật tư, cơ sở hạ tầng, trang thiết bị; quản lý nhân lực, tài chính, tài sản;
3. Thực hiện các nhiệm vụ khác do Giám đốc Trung tâm giao.