Phòng Tài chính - Kế toán thực hiện các nhiệm vụ sau:
1. Đầu mối giúp Giám đốc Trung tâm xây dựng kế hoạch, tổ chức thực hiện và báo cáo các hoạt động về: Quản lý tài chính; dự toán, sử dụng ngân sách; phân bổ kinh phí theo kế hoạch và dự toán đã được phê duyệt; tổ chức triển khai thu dịch vụ khám chữa bệnh, dịch vụ y tế dự phòng và các dịch vụ khác theo quy định; chi trả lương, phụ cấp cho viên chức, người lao động thuộc Trung tâm; quyết toán tài chính theo quy định của pháp luật;
2. Phối hợp thực hiện các hoạt động về xây dựng kế hoạch và triển khai, giám sát việc thực hiện các chương trình, dự án trong và ngoài nước; Phối hợp thực hiện quản lý nhân lực, tài sản, thuốc, vật tư, cơ sở hạ tầng, trang thiết bị; đào tạo, đào tạo liên tục, hội thảo, hội nghị;
3. Thực hiện các nhiệm vụ khác do Giám đốc Trung tâm giao.